et al.<\/em>, 2022).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Les crit\u00e8res de qualit\u00e9 du lait<\/h3>\n\n\n\n La mise en place de crit\u00e8res de qualit\u00e9 du lait a amen\u00e9 \u00e0 une strat\u00e9gie \u00ab 0 germe \u00bb<\/strong> (Monsallier et al.<\/em>, 2016). Suite \u00e0 des impasses et des exc\u00e8s, nous nous dirigeons \u00e0 pr\u00e9sent vers une strat\u00e9gie d\u2019hygi\u00e8ne se basant sur des pratiques garantissant l\u2019\u00e9limination des pathog\u00e8nes tous en essayant de respecter la biodiversit\u00e9 microbienne existante (Monsallier et al.<\/em>, 2016). Longtemps ces deux strat\u00e9gies ont sembl\u00e9 inconciliables. Il est donc n\u00e9cessaire de faire un \u00e9tat des lieux des int\u00e9r\u00eats \u00e0 mettre en place ce type de raisonnement, tous en pr\u00e9servant une qualit\u00e9 sanitaire du lait pour les consommateurs (Verdier-Metz et al.<\/em>, 2012).\u00a0 Dans un premier temps nous d\u00e9velopperons les diff\u00e9rents enjeux li\u00e9s aux microbiotes laitiers en \u00e9levages bovins lait. Puis, en lien avec ces enjeux, nous aborderons les diff\u00e9rents moyens existants en \u00e9levage favorisant le maintien ou le d\u00e9veloppement de microorganismes favorables.<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
D\u00e9finition et principes g\u00e9n\u00e9raux<\/h2>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Le bovin est constamment en interaction avec les microorganismes de son environnement et les microorganismes qui le colonisent.<\/strong> Les microorganismes au sein du ruminants sont des bact\u00e9ries, des arch\u00e9es, des eucaryotes et des virus. Chaque ensemble de microorganismes vivant dans un \u00e9cosyst\u00e8me donn\u00e9 s’appelle microbiote. Au sein d\u2019un bovin nous retrouvons diff\u00e9rents microbiotes chacun caract\u00e9ris\u00e9 par un habitat. Nous retrouvons des microbiotes dans :<\/strong><\/p>\n\n\n\n\nle tube digestif<\/strong> notamment dans le rumen et l\u2019intestin gr\u00eale,<\/li>\n\n\n\ndans l\u2019appareil respiratoire<\/strong>,<\/li>\n\n\n\ndans l\u2019appareil g\u00e9nital<\/strong>,<\/li>\n\n\n\nsur la peau <\/strong>en particulier sur les trayons.<\/li>\n<\/ol>\n\n\n\nCes diff\u00e9rents microbiotes impactent la sant\u00e9 et les performances de l\u2019animal, ainsi que la qualit\u00e9 de sa production (ZENED et al.<\/em>, 2021).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Les microbiotes du bovin<\/h3>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
\n
Les microbiotes pr\u00e9sents au sein du bovin sont intimement li\u00e9s avec ceux pr\u00e9sents dans l\u2019environnement<\/strong>. Au sein de l\u2019environnement voici les diff\u00e9rents compartiments pouvant influencer les microbiotes de l\u2019animal : le sol (Banerjee and van der Heijden, 2022), les excr\u00e9ments du troupeau et la liti\u00e8re (Doyle et al.<\/em>, 2016), les fourrages et l\u2019eau. Les pratiques de traite et l\u2019environnement de la traite de mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale est aussi un compartiment microbien rentrant en interaction avec le bovin, avec sa mamelle en particulier. Les trayons de la mamelle rentrent aussi en interaction directe avec le lait<\/strong> (Rowbotham and Ruegg, 2016; Verdier-Metz et al.<\/em>, 2012).<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\nLe microbiote li\u00e9 aux trayons de la vache laiti\u00e8re est un croisement des diff\u00e9rents transferts microbiens entre l\u2019environnement et le lait (ZENED et al.<\/em>, 2021). Il s’agit de la premi\u00e8re source de contamination du lait, suivi par les excr\u00e9ments du troupeau (Doyle et al.<\/em>, 2016). Pour enrichir un milieu en choisissant les microorganismes pr\u00e9sents, l\u2019utilisation de probiotiques se d\u00e9veloppe. Les probiotiques sont d\u00e9finit comme des organismes vivants qui consomm\u00e9s en quantit\u00e9s ad\u00e9quates ont un effet b\u00e9n\u00e9fique sur la sant\u00e9 de l\u2019h\u00f4te <\/strong>(Chanteperdrix, 2020). Ce type de pratique peut se justifier en cas de dysbiose. Cette notion est utilis\u00e9e lorsque les \u00e9quilibres microbiens sont rompus (ZENED et al.<\/em>, 2021).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
De forts enjeux du microbiote en \u00e9levage laitier<\/h2>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Un lien \u00e9troit entre sant\u00e9 animale et microbiote<\/h3>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Dysbiose et probl\u00e9matiques sanitaires<\/h4>\n\n\n\n De nombreuses probl\u00e9matiques sanitaires sont alors li\u00e9es \u00e0 la cr\u00e9ation de dysbiose. <\/strong>C\u2019est le cas des troubles digestifs (acidose et diarrh\u00e9es) et les boiteries. Les dysbioses intestinales ont souvent pour cons\u00e9quence de rendre l’animal plus vuln\u00e9rable et plus sujet aux infections. De mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, il est compliqu\u00e9 de savoir si la dysbiose est la cause ou la cons\u00e9quence de la maladie (ZENED et al.<\/em>, 2021).<\/p>\n\n\n\nIl est reconnu que chez les jeunes ruminants le tube digestif est st\u00e9rile.<\/strong> Les nouveau-n\u00e9s sont fr\u00e9quemment infect\u00e9s par diff\u00e9rents pathog\u00e8nes ent\u00e9riques provoquant des diarrh\u00e9es. La colonisation par une flore positive est donc un enjeu fort (ZENED et al.<\/em>, 2021).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Les mammites et microbiome des vaches laiti\u00e8res<\/h4>\n\n\n\n Il existe un lien entre le microbiome des vaches laiti\u00e8res et le d\u00e9veloppement de mammites<\/strong> (Rowbotham and Ruegg, 2016). La mammite est la probl\u00e9matique sanitaire la plus fr\u00e9quente en \u00e9levage laitier. Cette affection a de multiples impacts : perte \u00e9conomique, utilisation d\u2019antibiotiques et cons\u00e9quence n\u00e9gative sur le bien-\u00eatre animal (ZENED et al.<\/em>, 2021).<\/p>\n\n\n\nEn situation d\u2019acidose ruminale, il y a un d\u00e9veloppement d\u2019inflammations et de bact\u00e9ries pathog\u00e8nes pour la mamelle et indirectement une modification du microbiote de la mamelle (Plaizier et al.<\/em>, 2018; ZENED et al.<\/em>, 2021; Zhang et al.<\/em>, 2015). Dans le cas d\u2019une acidose ruminale, des microorganismes opportunistes peuvent se d\u00e9velopper et r\u00e9duire les fonctionnalit\u00e9s de l\u2019\u00e9pith\u00e9lium. De mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, la situation d\u2019acidose provoque une diminution de la richesse et la diversit\u00e9 microbienne<\/strong>, et particuli\u00e8rement des taxons b\u00e9n\u00e9fiques \u00e0 l\u2019h\u00f4te au d\u00e9triment des pathog\u00e8nes (Plaizier et al.<\/em>, 2018).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Un moyen de r\u00e9duire les imptacts n\u00e9gatifs sur l’environnement<\/h3>\n\n\n\n Selon le dernier rapport Secten de la Citepa, en 2020, l\u2019agriculture fran\u00e7aise s\u2019est vu attribuer 20,6 % des \u00e9missions de gaz \u00e0 effet de serre. 46 % de ces \u00e9missions sont li\u00e9es au m\u00e9thane, principalement ent\u00e9rique (Durand et al.<\/em>, 2022). Il existerait un lien entre certaines communaut\u00e9s microbiennes et le \u00e9missions de m\u00e9thane produites.<\/strong> 86 unit\u00e9s taxonomiques op\u00e9rationnelles ayant un impact ont \u00e9t\u00e9 mises en \u00e9vidence. Il s\u2019agit par exemple des Succinivibrionaceae<\/em>, Ruminococcaceae<\/em>, Christensenellaceae<\/em>, Lachnospiraceae<\/em> et Rikenellaceae <\/em>(Ramayo-Caldas et al.<\/em>, 2020). <\/em>Les pertes d\u2019azote par les f\u00e8ces et l\u2019urine posent des probl\u00e9matiques environnementales.<\/strong><\/p>\n\n\n\nDes rations respectant les \u00e9quilibres microbiens digestifs sont donc primordiales pour viser l\u2019efficience de l\u2019azote. Le phosphore est un \u00e9l\u00e9ment \u00e0 l\u2019origine du ph\u00e9nom\u00e8ne d\u2019eutrophisation. Le microbiote ruminal produit des phytases permettant d\u2019am\u00e9liorer sa disponibilit\u00e9.<\/strong> Un maintien des \u00e9quilibres microbiens favorise donc une diminution du phosphore dans les d\u00e9jections et donc dans l\u2019eau (ZENED et al.<\/em>, 2021).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Mantenir la qualit\u00e9 et s\u00e9curit\u00e9 des fromages au lait cru<\/h3>\n\n\n\n Les fromages au lait cru pr\u00e9sents dans de nombreuses appellations sont d\u00e9pendants des communaut\u00e9s microbiennes originelles du lait<\/strong>. Il faut savoir que 72 % de la production d\u2019AOP fromag\u00e8re est au lait cru (Montel et al.<\/em>, 2012). Dans ces fili\u00e8res, une perte de qualit\u00e9 microbiologique est observ\u00e9e et, par cons\u00e9quent, une baisse de fromageabilit\u00e9 (Monsallier et al.<\/em>, 2016).<\/p>\n\n\n\nLa gestion des \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens est un enjeu capital afin de maintenir les caract\u00e9ristiques sensorielles et sanitaires des fromages (Verdier-Metz et al.<\/em>, 2012). Il est donc n\u00e9cessaire d\u2019\u00e9liminer les pathog\u00e8nes : Salmonella, Listeria monocytogenes, Eschericha coli <\/em>producteurs de shigatoxines <\/strong>(Montel et al., 2012). La vie microbienne cr\u00e9\u00e9 de multiples barri\u00e8res capables de limiter le d\u00e9veloppement de ces pathog\u00e8nes (ZENED et al.<\/em>, 2021).<\/p>\n\n\n\nLes microorganismes pr\u00e9sents dans l\u2019alimentation, les liti\u00e8res, les bouses, l\u2019air et l\u2019eau sont susceptibles d\u2019inoculer le lait. Cela est possible par une colonisation du mat\u00e9riel de traite et\/ou des trayons de la vache (Verdier-Metz et al.<\/em>, 2012). Il a pu \u00eatre mis en \u00e9vidence que plus des trois quarts des unit\u00e9s taxonomiques op\u00e9rationnelles pr\u00e9sentent sur les trayons se retrouvent dans le lait et un quart dans le fromage<\/strong> (Fr\u00e9tin et al.<\/em>, 2018). Le but \u00e0 atteindre est donc de pouvoir piloter les flux microbiens provenant de la ferme vers le lait en approfondissant les connaissances li\u00e9es aux communaut\u00e9s microbiennes du lait (>200 esp\u00e8ces). Dans le cas de ces AOP l\u2019objectif sera de pouvoir maintenir le lien au terroir en conservant les microorganismes sp\u00e9cifiques du territoire (Montel et al.<\/em>, 2012).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Des leviers \u00e9mergents pour piloter le microbiote en \u00e9levage laitier<\/h2>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Piloter la ration et la qualit\u00e9 de l’eau<\/h3>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
L’alimentation du bovin en \u00e9levage laitier<\/h4>\n\n\n\n L\u2019alimentation est le facteur qui a le plus d\u2019impact sur le microbiote ruminal. <\/strong>La variable qui a le plus de r\u00e9percussion est la part des concentr\u00e9s. Les rations a forte part de concentr\u00e9 ayant une flore plut\u00f4t amylolytique et celles riches en fourrages une flore plut\u00f4t cellulolytique (ZENED et al.<\/em>, 2021). Les rations riches en concentr\u00e9 diminuent la diversit\u00e9 en bact\u00e9ries, et les populations de protozoaires et champignons (Ishaq et al.<\/em>, 2017). Ces rations provoquent dans certaines situations des inflammations, voire favoriseraient certaines bact\u00e9ries pathog\u00e8nes pour la mamelle (Zhang et al.<\/em>, 2015). Les rations avec du concentr\u00e9 au p\u00e2turage en comparaison a des rations sans concentr\u00e9, favoriseraient le pathog\u00e8ne du genre Clostridium<\/em> sur les trayons des animaux. Le microorganisme pourrait venir des f\u00e8ces, directement li\u00e9es \u00e0 l\u2019alimentation <\/strong>(Fr\u00e9tin et al.<\/em>, 2018).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
La charge en bact\u00e9ries des p\u00e2tures<\/h4>\n\n\n\n La charge en bact\u00e9ries des p\u00e2tures n\u2019a pas pu \u00eatre corr\u00e9l\u00e9e \u00e0 celle du lait des animaux<\/strong>. Aussi, la mise \u00e0 l\u2019herbe pourrait entrainer l\u2019enrichissement du lait en staphylocoques \u00e0 coagulase n\u00e9gative. De mani\u00e8re contradictoire, il est estim\u00e9 que le p\u00e2turage pourrait \u00eatre une source de biodiversit\u00e9 microbienne. Le nombre d\u2019esp\u00e8ces microbiennes sur les trayons des vaches au p\u00e2turage \u00e9tant sup\u00e9rieur \u00e0 celui des animaux maintenus \u00e0 l\u2019int\u00e9rieur (Verdier-Metz et al.<\/em>, 2012).\u00a0 L\u2019utilisation de fourrages bioactifs contenant des m\u00e9tabolites secondaires ont un effet sur les microbiotes du syst\u00e8me digestif de l\u2019animal<\/strong>. En effet, les tanins condens\u00e9s, l\u2019aucubine et les sesquiterp\u00e8ne lactones sont reconnus pour diminuer le nombre de n\u00e9matodes gastro intestinaux (Mueller-Harvey et al.<\/em>, 2019; Waghorn and McNabb, 2003).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
La qualit\u00e9 bact\u00e9riologique de l’eau<\/h4>\n\n\n\n L\u2019eau est le premier aliment en quantit\u00e9 ing\u00e9r\u00e9 par les animaux. La qualit\u00e9 bact\u00e9riologique de l\u2019eau doit \u00eatre mesur\u00e9e, notamment en v\u00e9rifiant que certains \u00e9l\u00e9ments (E.Coli<\/em>, ent\u00e9rocoques intestinaux, bact\u00e9ries coliformes totales\u2026) ne d\u00e9passent pas les valeurs seuils. Les cons\u00e9quences d\u2019une mauvaise qualit\u00e9 microbiologique de l\u2019eau peuvent \u00eatre multiples : mammites, m\u00e9trites, diarrh\u00e9es, boiteries, etc.<\/strong> Pour assurer une bonne qualit\u00e9 microbiologique de l\u2019eau diff\u00e9rentes m\u00e9thodologies existent. La plus efficace et la moins couteuse est l\u2019\u00e9lectrolyse, suivie du traitement au dioxyde de chlore. Afin de conna\u00eetre la qualit\u00e9 de l\u2019eau une analyse pr\u00e9alable une fois par an est conseill\u00e9e (GDS 61, 2017).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Choisir les lieux et mode de couchage<\/h3>\n\n\n\n Il existe un effet du mode de couchage sur les populations microbiennes<\/strong> (Rowbotham and Ruegg, 2016). Les populations microbiennes \u00e0 la surface des trayons seraient plus importantes sur les liti\u00e8res \u00e0 base de paille que les liti\u00e8res \u00e0 base de sciure (Verdier-Metz et al.<\/em>, 2012). Il a \u00e9t\u00e9 mis en \u00e9vidence que la composition microbiologique du lait \u00e9tait diff\u00e9rente en fonction de si les vaches \u00e9taient dans un environnement int\u00e9rieur ou ext\u00e9rieur. Au sein des microorganismes totaux au sein du lait, la part des microorganismes provenant du milieu de couchage est plus importante lorsque les animaux sont en b\u00e2timents<\/strong> (Doyle et al.<\/em>, 2016).<\/p>\n\n\n\nLe sol est un r\u00e9servoir de microorganismes pour la vache.<\/strong> Le bovin consomme de la terre via les fourrages. Le sol est consid\u00e9r\u00e9 comme le r\u00e9servoir le plus diversifi\u00e9 et le plus complexe. Son impact potentiel sur l\u2019animal est donc important. Un sol en bonne sant\u00e9 permettrait de faciliter la sant\u00e9 des plantes et la sant\u00e9 animale<\/strong> (Banerjee and van der Heijden, 2022).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Red\u00e9finir des pratiques de traite moins syst\u00e9matiques<\/h3>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Pratiques de traite<\/h4>\n\n\n\n Les pratiques de traite sont souvent r\u00e9alis\u00e9es dans un objectif d\u2019\u00e9liminer les pathog\u00e8nes sans tenir compte des potentiels r\u00e9servoirs positifs (Rowbotham and Ruegg, 2016). Les pratiques d\u2019hygi\u00e8ne de traite syst\u00e9matiques sont :<\/strong><\/p>\n\n\n\n\npr\u00e9lavage, essuyage et post-trempage des trayons<\/strong> (Verdier-Metz et al<\/em>., 2012),<\/li>\n\n\n\nnettoyage et d\u00e9contamination de la machine \u00e0 traire<\/strong>, peuvent diminuer de 2,6 logarithmes d\u2019unit\u00e9s microbiennes faisant colonie (Ufc) par millilitres sur la peau des trayons (Rowbotham and Ruegg, 2016; VerdierMetz et al.<\/em>, 2012).<\/li>\n<\/ol>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
L’hygi\u00e8ne de traite<\/h4>\n\n\n\n Les produits appliqu\u00e9s sont souvent des antiseptiques \u00e0 large spectre.<\/strong> Une hygi\u00e8ne de traite intensive engendrerait une diminution des populations de bact\u00e9ries Gram-positive catalase-positive (Staphylococcus, Listeria, Conrynebacterium, Micorcoccus<\/em>) et des levures (ZENED et al.<\/em>, 2021). Un simple nettoyage du trayon avant la traite et l\u2019absence de d\u00e9sinfection syst\u00e9matique permettent de r\u00e9duire les agents pathog\u00e8nes. De plus, il pr\u00e9servent les populations microbiennes\u00a0 d\u2019int\u00e9r\u00eat technologique (Monsallier et al.<\/em>, 2012). Des m\u00e9thodes alternatives, telle que l\u2019utilisation de laine de bois serait plus respectueuse de la flore du trayon que l\u2019utilisation de pr\u00e9-trempage<\/strong> (Montel et al.<\/em>, 2012).<\/p>\n\n\n\nDes biofilms se forment \u00e0 la surface des \u00e9quipements de traite.<\/strong> Ils sont compos\u00e9s majoritairement de microorganismes technologiquement int\u00e9ressants : bact\u00e9ries acidifiantes, microcoques et coryn\u00e9bact\u00e9ries (Verdier-Metz et al.<\/em>, 2012). Dans ce contexte, l\u2019utilisation syst\u00e9matique de lessives d\u00e9sinfectantes \u00e0 base de chlore est questionn\u00e9e. <\/strong>Des r\u00e9sidus de rin\u00e7age sont retrouv\u00e9s dans le lait. Ils sont suspect\u00e9s de nuire aux flores microbiennes du lait (Montel et al.<\/em>, 2012).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Adapter l’utilisation des antibiotiques<\/h3>\n\n\n\n Certains antibiotiques administr\u00e9s par voie g\u00e9n\u00e9rale peuvent provoquer de l\u2019antibior\u00e9sistance<\/strong>. Cette derni\u00e8re a un impact sur les bact\u00e9ries du foyers infectieux et sur la flore commensale de la vache. Les traitements intra-mammaire pendant ou hors lactation peuvent aussi modifier la flore intestinale et les bact\u00e9ries du foyer infectieux par l\u2019interm\u00e9diaire de l\u2019antibior\u00e9sistance. Les modifications des flores intestinales et commensales ont pour cons\u00e9quence une modification qualitative et quantitative aigu\u00eb de la flore f\u00e9cale. Ces modifications s\u2019\u00e9tendent \u00e0 flore intestinale et nasale des veaux. Cela repr\u00e9sente un risque de transmission indirecte d\u2019antibior\u00e9sistances aux veaux.<\/strong> Les pr\u00e9conisations pour \u00e9viter des situations sont : passer en traitement s\u00e9lectif au tarissement, \u00e9viter les p\u00e9riodes de tarissements courtes augmentant le risque de transmission aux veaux et \u00e9viter l\u2019utilisation d\u2019antibiotiques \u00e0 large spectre (Bergonier, 2020).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Une s\u00e9lection g\u00e9n\u00e9tique en faveur de la r\u00e9duction des GES<\/h3>\n\n\n\n L\u2019identification des biomarqueurs de familles bact\u00e9riennes ruminales pouvant diminuer les \u00e9missions de m\u00e9thane pourraient \u00e0 terme int\u00e9grer des programmes de s\u00e9lection g\u00e9n\u00e9tiques bovines.<\/strong> Avant cela, il faudrait pouvoir s\u2019assurer qu\u2019ils soient h\u00e9r\u00e9ditaires (Ramayo-Caldas et al., 2020).\u00a0 La soci\u00e9t\u00e9 G\u00e8nes diffusion<\/a> a bas\u00e9 une nouvelle offre (GHP) sur une analyse du microbiote de l\u2019intestin du bovin par g\u00e9notypage, pour pr\u00e9dire l\u2019impact de l\u2019environnement sur le d\u00e9veloppement du ph\u00e9notype dans un \u00e9levage donn\u00e9<\/strong>. Cela permet d\u2019ajuster les index g\u00e9n\u00e9tiques standards avec des donn\u00e9es sp\u00e9cifiques \u00e0 chaque \u00e9levage issu du g\u00e9notypage, de l\u2019analyse du microbiote et du contr\u00f4le de performances. Ce programme est pour le moment uniquement pour les troupeaux de races Holstein ayant 100 % de leur troupeau g\u00e9notyp\u00e9 (G\u00e8nes diffusion, n.d.).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
De nombreux moyens d’ensemement du milieu : k\u00e9fir de lait, EM, produits commerciaux<\/h3>\n\n\n\n Lors d\u2019une dysbiose, d\u00e9s\u00e9quilibre d\u2019un \u00e9cosyst\u00e8me, intervenir pour le r\u00e9\u00e9quilibrer peut-\u00eatre n\u00e9cessaire pour \u00e9viter les infections par les pathog\u00e8nes. Pour favoriser une flore bact\u00e9rienne favorable deux possibilit\u00e9s semblent appara\u00eetre :<\/strong><\/p>\n\n\n\n\ninstaller une flore favorable<\/strong>, appel\u00e9e probiotique, pour \u00e9viter que la flore d\u00e9favorable ne se d\u00e9veloppe<\/li>\n\n\n\nutiliser des pr\u00e9biotiques<\/strong> nourrissant les microorganismes b\u00e9n\u00e9fiques. L\u2019utilisation de probiotiques semble \u00eatre la plus r\u00e9pandue.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\nLes probiotiques peuvent intervenir de mani\u00e8re directe<\/strong> en inhibant leur d\u00e9veloppement ou de mani\u00e8re indirecte <\/strong>en rentrant en comp\u00e9tition avec le pathog\u00e8ne pour les nutriments et la colonisation de l\u2019espace (Even et al.<\/em>, 2013).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Le k\u00e9fir : probiotique de ferme peu co\u00fbteux<\/h4>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Pr\u00e9sentation du k\u00e9fir<\/h5>\n\n\n\n Le k\u00e9fir de lait est compos\u00e9 des bact\u00e9ries lactiques, bact\u00e9ries ac\u00e9tiques et levures \u00e0 du lait. Le principe g\u00e9n\u00e9ral vise \u00e0 coloniser le milieu avec ces microorganismes non pathog\u00e8nes. Les bact\u00e9ries lactiques par leur activit\u00e9 acidifient le milieu (pH : 2,5-3).<\/strong> Il a \u00e9t\u00e9 d\u00e9montr\u00e9 in vitro et in vivo que les bact\u00e9ries et levures du k\u00e9fir ont une activit\u00e9 antimicrobienne contre les bact\u00e9ries ent\u00e9ropathog\u00e8nes et les champignons de d\u00e9t\u00e9rioration (Gonz\u00e1lez-Orozco et al.<\/em>, 2022). Les m\u00e9canismes pr\u00e9sum\u00e9s du k\u00e9fir sont :<\/strong><\/p>\n\n\n\n\nune forte capacit\u00e9 d\u2019adh\u00e9sion \u00e0 la paroi intestinale<\/strong> permettant une comp\u00e9tition avec les pathog\u00e8nes,<\/li>\n\n\n\nune comp\u00e9tition pour les nutriments<\/strong>,<\/li>\n\n\n\nla production d\u2019acides organiques, bact\u00e9riocines et exopolysacharides<\/strong> (Gonz\u00e1lez-Orozco et al.<\/em>, 2022).<\/li>\n<\/ol>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Utilisation du k\u00e9fir<\/h5>\n\n\n\n Dans l\u2019environnement, il peut \u00eatre appliqu\u00e9 sur la liti\u00e8re et dans le b\u00e2timent pour assainir le milieu via une acidification et un ass\u00e8chement de la liti\u00e8re. <\/strong>L\u2019application sur la liti\u00e8re doit \u00eatre r\u00e9p\u00e9t\u00e9e dans le temps afin de maintenir son effet (Bourgeois, 2020). Des \u00e9leveurs mettent en avant son int\u00e9r\u00eat pour concurrencer les bact\u00e9ries responsables de la dermatite digit\u00e9e et les mammites environnementales (Cuminet et al.<\/em>, 2019). Des t\u00e9moignages d\u2019\u00e9leveurs r\u00e9v\u00e8lent un int\u00e9r\u00eat \u00e0 r\u00e9aliser des pulv\u00e9risations sur le fourrage<\/strong> (Bourgeois, 2020). La pratique du k\u00e9fir est peu co\u00fbteuse. L\u2019achat initial est d\u2019environ 20 \u20ac pour 20 g en pharmacie. Il suffit ensuite de le multiplier (Maupertuis and Bodet, 2017). La fermentation doit \u00eatre r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 environ 20\u00b0C pendant 24 \u00e0 72 h (Gonz\u00e1lezOrozco et al.<\/em>, 2022).<\/p>\n\n\n\nSimultan\u00e9ment des recherches ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9es sur l\u2019int\u00e9r\u00eat des bact\u00e9ries lactiques. Il a \u00e9t\u00e9 montr\u00e9 in vitro une inhibition in vitro de Staphylococcus aureus<\/em> par Lactobacillus casei<\/em>.<\/p>\n\n\n\nCette derni\u00e8re affecte l\u2019adh\u00e9sion et l\u2019internalisation de Staphylococcus aureus.<\/em> L\u2019utilisation de bact\u00e9ries lactiques dans la lutte contre les mammites est donc une piste prometteuse. Ce travail n\u2019a pas abouti \u00e0 l\u2019\u00e9laboration d\u2019un mode d\u2019administration qui reste \u00e0 d\u00e9terminer (Bouchard, 2012).\u00a0 Une autre \u00e9tude a mis en \u00e9vidence l\u2019effet de Lactobacillus brevis, Lactobacillus plantarum<\/em> et Lactobacillus lactis V7<\/em> dans la lutte contre les mammites \u00e0 Eschericha coli<\/em> et Staphylococcus aureus <\/em>(Assis, 2016).<\/em><\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Les EM : un moyen peu connu<\/h4>\n\n\n\n Les EM (microorganismes efficaces) est un m\u00e9lange de microorganismes a\u00e9robies et ana\u00e9robies avec un pH entre 3,5 et 3,8<\/strong>. Il s\u2019agit principalement de bact\u00e9ries lactiques, bact\u00e9ries photosynth\u00e9tiques, levures et actinomyc\u00e8tes. Ce m\u00e9lange a l\u2019avantage de pouvoir \u00eatre multipli\u00e9 \u00e0 la ferme. Leur utilisation vise \u00e0 contenir le d\u00e9veloppement des pathog\u00e8nes nocifs. Par cons\u00e9quent, ils ont l\u2019avantage de ne pas favoriser l\u2019apparition de souches r\u00e9sistantes. A notre connaissance, peu de r\u00e9f\u00e9rences existe concernant leur utilisation en \u00e9levage. Les seules r\u00e9f\u00e9rences existantes proviennent de Cuba. Ce m\u00e9lange a \u00e9t\u00e9 con\u00e7u pour coloniser positivement le milieu. L\u2019apport journalier est pr\u00e9conis\u00e9 \u00e0 200-300 ml par jour par bovin<\/strong>. Les b\u00e9n\u00e9fices mis en avant en \u00e9levage laitier sont : limitation des diarrh\u00e9es des jeunes bovins, limitation de la m\u00e9t\u00e9orisation, limitation des \u00e9missions de m\u00e9thane, acc\u00e9l\u00e9ration du compostage des liti\u00e8res (F\u00e9lix, 2015). Les modes d\u2019action sur l\u2019animal sont mal connus.<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
De nombreux produits commerciaux<\/h4>\n\n\n\n Dans un objectif de gestion optimis\u00e9e des liti\u00e8res, de nombreux produits commerciaux se d\u00e9veloppent en plus des ass\u00e9chants liti\u00e8res classiques<\/strong>. Le principe reste le m\u00eame que celui d\u00e9velopp\u00e9 pr\u00e9c\u00e9demment. Un complexe bact\u00e9rien (bact\u00e9ries lactiques et sporul\u00e9es) assure la comp\u00e9tition spatiale et nutritive. Nous retrouvons par exemple les pr\u00e9parations suivantes : Cobiotex 410, Flori\u2019Nat (Littoral Normand, n.d.), Cleanoflor. Pour lutter contre la dermatite, des produits existent aussi, tel que le Certiflore (Ropars, 2022). Il n\u2019existe pas d\u2019effet des probiotiques sur les ent\u00e9rites n\u00e9o natales. Mais, des r\u00e9ductions d\u2019incidence sont rapport\u00e9es (Le Loir and Even, 2016).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Des possibilit\u00e9s d’ensemencer les microbiotes au sein d l’animal<\/h3>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Chez la vache : lutte contre l\u2019acidose<\/h4>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
L\u2019ensemencement de microorganismes positifs<\/h5>\n\n\n\n L\u2019ensemencement de microorganismes positifs peut se r\u00e9aliser au sein m\u00eame de l\u2019animal pour orienter le microbiote ruminale. Par exemple, l\u2019ajout de levures, tel que Saccharomyces cerevisiae<\/em> augmente la richesse fongique\u00a0 et la richesse et la diversit\u00e9 en protozoaires du rumen (Ishaq et al., 2017). L\u2019ajout de Lactobacillus <\/em>et Enterococcus <\/em>dans un objectif de g\u00e9rer les situations d\u2019acidose ont alors fait l’objet de tests de nombreuses fois. Il semblerait que les \u00e9tudes se contredisent sur l\u2019efficacit\u00e9 des traitements pour relever le pH ruminal <\/strong>(Chiquette, 2010).<\/p>\n\n\n\nL\u2019ajout de levures dans les rations favorisent la multiplication des bact\u00e9ries plut\u00f4t que la production d\u2019acides gras volatils. On peut justifier cela par l\u2019apport de facteurs de croissance (vitamine B et acides amin\u00e9s) que les levures apportent aux bact\u00e9ries. Ces levures permettent aussi de retarder la fermentation des grains d\u2019amidon, ce qui facilite l\u2019augmentation du pH ruminal pour lutter contre l\u2019acidose (Chiquette, 2010).<\/p>\n\n\n\n
<\/p>\n\n\n\n
Une m\u00e9ta-analyse<\/h5>\n\n\n\n Une m\u00e9ta-analyse bas\u00e9e sur 157 exp\u00e9riences a \u00e9tudi\u00e9 l\u2019apport de levures chez les ruminants<\/strong>. Il en r\u00e9sulte en moyenne un gain de 0,03 points du pH ruminal<\/strong>, une augmentation de la concentration en acides gras volatils<\/strong> et pas d\u2019influence sur le ratio ac\u00e9tate propionate. Cette suppl\u00e9mentation a permis une augmentation de la production de lait <\/strong>(+ 1,2 g\/kg de poids corporel). Et, elle a eu tendance \u00e0 augmenter la teneur en mati\u00e8res grasses du lait<\/strong> (+ 0,05 %). Cela n\u2019a pas influenc\u00e9 la teneur en prot\u00e9ines. L\u2019apport de levures permet une augmentation de la d\u00e9gradation de la mati\u00e8re organique.<\/strong> Cette augmentation augmente simultan\u00e9ment \u00e0 l\u2019augmentation de concentr\u00e9 et de NDF dans la ration. Il en r\u00e9sulte une augmentation de la mati\u00e8re s\u00e8che ing\u00e9r\u00e9e (+ 0,44 g\/kg de poids corporel).<\/p>\n\n\n\nCes r\u00e9sultats sugg\u00e8rent une am\u00e9lioration de la fermentation ruminale gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019apport de levures. Cette m\u00e9ta-analyse a mis en exergue un effet positif mais mod\u00e9r\u00e9 des levures sur la fermentation ruminale, l\u2019ingestion de mati\u00e8re s\u00e8che (+ 1,5%) et la production laiti\u00e8re (2,5 \u20133 %) (Desnoyers et al.,<\/em> 2009).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Chez le veau : gestion de diarh\u00e9es<\/h4>\n\n\n\n Chez le jeune veau, l\u2019apport de Lactobacillus<\/em> et Streptococcus<\/em> peut r\u00e9duire l\u2019incidence des diarrh\u00e9es (Chiquette, 2010). Galvao et al. ont notamment montr\u00e9 que l\u2019ajout de Saccahromyces cerevisiae <\/em>et Streptococques boulardii <\/em>permettent de diminuer les jours de diarrh\u00e9es avant sevrage<\/strong>. Cet ensemencement permet de limiter le co\u00fbt des traitements curatifs de moiti\u00e9 (Galv\u00e3o et al.<\/em>, 2005).<\/p>\n\n\n\nDe mani\u00e8re plus naturelle, le contact prolong\u00e9 entre la vache et son veau suite au v\u00ealage favoriserait le d\u00e9veloppement de la flore microbienne<\/strong> (Chiquette, 2010). En effet, suite au v\u00ealage l\u2019intestin du veau est st\u00e9rile, sa bonne colonisation est donc primordiale (Chanteperdrix, 2020). Cette colonisation peut aussi \u00eatre r\u00e9alis\u00e9e avec des produits commerciaux (Cleanoflor) ou des ferments issus de la ferme comme les k\u00e9firs (Bourgeois, 2020).<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Facteurs de variation de l\u2019efficacit\u00e9 des probiotiques<\/h4>\n\n\n\n Il existe de nombreux probiotiques sur le march\u00e9. Il semblerait que leur efficacit\u00e9 varie selon les \u00e9tudes. De plus, leurs m\u00e9canismes d\u2019action sont encore mal connus (Plaizier et al., 2018). L\u2019effet du probiotique d\u00e9pend de la souche utilis\u00e9e et sa viabilit\u00e9. Il existe aussi un effet dose (Chanteperdrix, 2020), un effet de la p\u00e9riode de suppl\u00e9mentation, un effet de la composition de la ration et du statut de l\u2019animal (Chiquette, 2010).<\/p>\n\n\n\n
De mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9ral, le choix du probiotique doit alors se faire en fonction d\u2019une situation particuli\u00e8re et d\u2019un objectif attendu.<\/p>\n\n\n\n
Discussion sur les enjeux et les moyens de pilotage des \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens en \u00e9levage bovin laitier<\/h2>\n\n\n\n <\/p>\n\n\n\n
Les microorganismes les plus \u00e9tudi\u00e9s et le rumen est le microbiote le plus travaill\u00e9<\/h3>\n\n\n\n Nous avons pu constater que les bact\u00e9ries sont les microorganismes les plus \u00e9tudi\u00e9s et le rumen est le microbiote le plus travaill\u00e9. <\/strong>Concernant le domaine d\u2019\u00e9tude, les publications concernent principalement le lien entre le microbiote et la sant\u00e9 des animaux. L\u2019impact du microbiote sur la qualit\u00e9 des produits a lui aussi \u00e9t\u00e9 fortement travaill\u00e9, en particulier dans les fili\u00e8res au lait cru. En ce qui concerne les pratiques \u00e0 d\u00e9velopper, l\u2019impact des pratiques de traite et des antibiotiques semblent bien connu.<\/strong> L\u2019effet du p\u00e2turage sur le microbiote du lait est contradictoire selon les \u00e9tudes. Les animaux consomment de la terre mais l\u2019impact sur les microbiotes semble mal connu. Les effets du logement sont connus mais les recommandations techniques sont peu claires.<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
L’introduction de probiotique<\/h3>\n\n\n\n Au sujet de l\u2019introduction de probiotiques, l\u2019utilisation de bact\u00e9ries lactiques et de levures sont les deux probiotiques les plus connus. Le k\u00e9fir a \u00e9t\u00e9 fortement \u00e9tudi\u00e9 in vitro. A contrario ces mises en place en exploitations rel\u00e8vent plus de retours du terrain que de pr\u00e9conisations scientifiques. A notre connaissance les exp\u00e9riences in vivo se font principalement sur porcins <\/strong>(Maupertuis and Bodet, 2017).\u00a0 De mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, nous avons donc pu constater que l\u2019efficacit\u00e9 des probiotiques est variable.<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
La diversit\u00e9 des microorganismes<\/h3>\n\n\n\n Il existe beaucoup d\u2019\u00e9tudes sur l\u2019impact des pratiques sur la diversit\u00e9 des microorganismes ou sur leurs moyens de transmission. <\/strong>Ces \u00e9tudes sous entendent que la diversit\u00e9 est b\u00e9n\u00e9fique pour \u00e9viter le d\u00e9veloppement des pathog\u00e8nes. Toutefois, il serait int\u00e9ressant d\u2019approfondir la n\u00e9cessit\u00e9 ou non de cette diversit\u00e9. En effet, on peut se demander si la pr\u00e9sence de peu d\u2019esp\u00e8ces b\u00e9n\u00e9fiques pourraient \u00eatre aussi int\u00e9ressante. De mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, des connaissances sont donc produites. N\u00e9anmoins, les mises en place op\u00e9rationnelles pour orienter les microbiotes ne sont pas forc\u00e9ment claires. Il n\u2019existe pas \u00e0 notre connaissance de document technique centralisant des pr\u00e9conisations techniques.<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Des recherches compl\u00e9mentaires pourraient \u00eatre pertinentes<\/h3>\n\n\n\n Les perspectives de travail sont nombreuses. Dans le domaine de la g\u00e9n\u00e9tique et l\u2019environnement, la s\u00e9lection des animaux en choisissant les communaut\u00e9s microbiennes les moins \u00e9mettrices de m\u00e9thane semble alors prometteuse.<\/strong> Aussi, les bact\u00e9ries pathog\u00e8nes sont bien connues. A contrario, seules quelques souches de microorganismes positifs sont connues. Des recherches compl\u00e9mentaires pourraient donc \u00eatre pertinentes. Par ailleurs, l\u2019utilisation des probiotiques est mise en avant.<\/strong> Mieux comprendre leurs modes d\u2019action est n\u00e9cessaire afin de mieux appr\u00e9hender les d\u00e9terminants de leur efficacit\u00e9. Enfin, l\u2019utilisation de bact\u00e9ries lactiques pour lutter contre les mammites semble prometteuse. Le d\u00e9veloppement de protocoles de mises en place en \u00e9levage serait alors porteur d\u2019int\u00e9r\u00eat.<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n\n
Conclusion sur les njeux et moyens de pilotage des \u00e9cosyst\u00e8mes microbiens en \u00e9levage bovin laitier<\/h2>\n\n\n\n Nous avons alors constat\u00e9 qu\u2019ils existent une multitude de pratiques permettant d\u2019orienter positivement les diff\u00e9rents microbiotes en contact avec les bovins. Si n\u00e9cessaire, un ensemencement peut \u00eatre r\u00e9alis\u00e9. Il peut s\u2019agir d\u2019un ensemencent de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me microbien externe ou interne \u00e0 l\u2019animal. Les probiotiques ont le gros avantage de ne pas cr\u00e9er de r\u00e9sistances contrairement aux antibiotiques. <\/strong>Dans tous les cas, les facteurs cit\u00e9s pr\u00e9c\u00e9demment interagissent entre eux. Par cons\u00e9quent, une approche globale est \u00e0 d\u00e9velopper pour que les leviers soient efficaces. Cette approche doit aussi \u00eatre multi-acteurs \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de l\u2019exploitation et de la fili\u00e8re.<\/p>\n\n\n\n<\/p>\n\n\n
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