{"id":3520,"date":"2024-04-17T11:43:46","date_gmt":"2024-04-17T09:43:46","guid":{"rendered":"https:\/\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/?p=3520"},"modified":"2024-04-17T11:43:48","modified_gmt":"2024-04-17T09:43:48","slug":"microbiote-des-semences-et-protection-agroecologique","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/microbiote-des-semences-et-protection-agroecologique\/","title":{"rendered":"Microbiote des semences et protection agro\u00e9cologique"},"content":{"rendered":"\n<h1 class=\"wp-block-heading\"><strong>Le microbiote des semences : un enjeu de protection agro\u00e9cologique <\/strong><\/h1>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify has-ast-global-color-5-color has-ast-global-color-0-background-color has-text-color has-background has-link-color has-medium-font-size wp-elements-9c8b5312dd5d7ae347b55e01c49b88ee\">D\u00e9couvrez comment le microbiote des semences est une voie d&rsquo;exploration pour la recherche d&rsquo;alternatives agro\u00e9cologiques de protection des cultures.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Les semences constituent le premier maillon de la production agricole et par cons\u00e9quent, de la cha\u00eene alimentaire. En tant que telles, elles ont une influence d\u00e9terminante sur les mod\u00e8les agricoles ainsi que sur la diversit\u00e9 et la qualit\u00e9 des aliments. <strong>Les semences repr\u00e9sentent donc un\u00a0 mat\u00e9riel v\u00e9g\u00e9tal de grande valeur \u00e9conomique.<\/strong> L\u2019augmentation de la production passe irr\u00e9m\u00e9diablement par une qualit\u00e9 physiologique et sanitaire optimale des semences. En effet, les graines sont soumises \u00e0 un ensemble de stress biotiques <em>(les attaques par les agents pathog\u00e8nes, les insectes\u2026) <\/em>et abiotiques <em>(le manque d\u2019eau ou de nutriments\u2026)<\/em> qu\u2019il est n\u00e9cessaire de contr\u00f4ler et de limiter.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">La graine est non seulement le vecteur du patrimoine g\u00e9n\u00e9tique des plantes. Mais, elle est \u00e9galement impliqu\u00e9e dans la transmission de nombreux micro-organismes dont des agents pathog\u00e8nes. \u00c0 ce jour, <strong>la gestion des agents pathog\u00e8nes transmis \u00e0 et par les semences repose sur la prophylaxie<\/strong>, l\u2019utilisation de cultivars r\u00e9sistants et les traitements de semences utilis\u00e9s pendant la production des semences ou apr\u00e8s la r\u00e9colte. La grande majorit\u00e9 de ces traitements de semences est constitu\u00e9e de fongicides et d\u2019insecticides. Les solutions biologiques, \u00e0 savoir la biostimulation <em>(exemple : pratiques agricoles favorisant les microorganismes b\u00e9n\u00e9fiques)<\/em> ou le biocontr\u00f4le <em>(exemple : enrobage des semences)<\/em>, sont des <strong>options prometteuses mais encore trop peu efficaces<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">De nouvelles approches pouvant limiter ces variations d&rsquo;efficacit\u00e9 sont en cours de recherche. Par exemple, dans un premier temps, on pourrait utiliser sp\u00e9cifiquement des micro-organismes natifs du microbiote des semences comme agents de biocontr\u00f4le, en enrobage aux semences. <strong>Il serait \u00e9galement int\u00e9ressant de cibler directement les organes reproducteurs de la plante pour int\u00e9grer de mani\u00e8re naturelle les inoculants microbiens aux semences<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Qualit\u00e9 des semences et microbiote<\/h2>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Trois enjeux majeurs pour les semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>Les semences constituent le premier maillon de la production agricole<\/strong>. En tant que telles, elles ont une influence d\u00e9terminante sur les mod\u00e8les agricoles ainsi que sur la diversit\u00e9 et la qualit\u00e9 des aliments.<strong> Trois enjeux se posent autour de la production de semences :\u00a0<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ol class=\"wp-block-list\">\n<li>Disposer de <strong>semences \u00e0 forte valeur agronomique<\/strong>, qui soient donc productives tout en restant qualitatives.<\/li>\n\n\n\n<li>Proposer de <strong>vari\u00e9t\u00e9s de semences moins consommatrices d\u2019intrants<\/strong> et plus r\u00e9sistantes aux stress biotiques (maladies, ravageurs) et abiotiques (s\u00e9cheresse, froid).\u00a0<\/li>\n\n\n\n<li>Produire des <strong>semences adapt\u00e9es aux diff\u00e9rents types d\u2019agricultures<\/strong> : conventionnelle, biologique\u2026.<\/li>\n<\/ol>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Pour r\u00e9pondre \u00e0 ces enjeux, il est essentiel de <strong>garantir une qualit\u00e9 physique et germinative des semences<\/strong>. Ces deux facteurs sont souvent influenc\u00e9s par des param\u00e8tres d\u00e9pendants du g\u00e9notype et des conditions de culture des plantes porte-graines. D\u2019autre part, <strong>les semences sont enclines \u00e0 l\u2019invasion par des agents pathog\u00e8nes<\/strong>. Il est donc n\u00e9cessaire de contr\u00f4ler la qualit\u00e9 sanitaire des semences.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">A ce jour, la liste de r\u00e9f\u00e9rence de l\u2019ISTA (International Seed Testing Association) recense <strong>290 agents phytopathog\u00e8nes associ\u00e9s aux semences de 11 esp\u00e8ces v\u00e9g\u00e9tales<\/strong>. Soit <strong>126 combinaisons h\u00f4te-organisme nuisible<\/strong>, pour lesquels les semences sont une voie de propagation. On retrouve des champignons, des bact\u00e9ries, des virus, des n\u00e9matodes\u2026<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image aligncenter size-full\"><img data-recalc-dims=\"1\" fetchpriority=\"high\" decoding=\"async\" width=\"550\" height=\"487\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2024\/04\/liste-reference-phytopathogene-semences.png?resize=550%2C487&#038;ssl=1\" alt=\"\" class=\"wp-image-3523\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2024\/04\/liste-reference-phytopathogene-semences.png?w=550&amp;ssl=1 550w, https:\/\/i0.wp.com\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2024\/04\/liste-reference-phytopathogene-semences.png?resize=300%2C266&amp;ssl=1 300w\" sizes=\"(max-width: 550px) 100vw, 550px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>La lutte contre les agents phytopathog\u00e8nes transmissibles par les semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\"><strong><em>La protection chimique, premier levier de lutte contre les agents phytopathog\u00e8nes transmissibles par les semences<\/em><\/strong><\/h4>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Pour pouvoir \u00eatre commercialis\u00e9es dans l\u2019Union europ\u00e9enne, <strong>les semences doivent \u00eatre certifi\u00e9es pour leur facult\u00e9 germinative,<\/strong> leur <strong>puret\u00e9 sp\u00e9cifique<\/strong> et \u00e9galement pour <strong>leur qualit\u00e9 sanitaire<\/strong>. En France, le Service Officiel de Contr\u00f4le et de certification (SOC) r\u00e9alise contr\u00f4le et certification. Ce certificat est obligatoire pour les semences de grandes cultures et permet de garantir l\u2019absence d\u2019agents pathog\u00e8nes. Les tests d\u2019\u00e9valuation de la qualit\u00e9 sanitaire des semences sont tr\u00e8s co\u00fbteux. <strong>Il est donc n\u00e9cessaire de limiter au maximum la pr\u00e9sence des agents pathog\u00e8nes sur les semences<\/strong>.\u00a0Cette limitation d\u00e9pend majoritairement des produits phytosanitaires et chimiques utilis\u00e9s lors de la culture ou en traitement post-r\u00e9colte. Ces traitements post-r\u00e9coltes reposent sur l\u2019utilisation de fongicides ou d\u2019insecticides en enrobage ou en pelliculage sur les semences.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\"><strong><em>Les m\u00e9thodes de lutte alternatives contre les agents phytopathog\u00e8nes transmissibles par les semences<\/em><\/strong>&nbsp;<\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Trois cat\u00e9gories regroupent ces m\u00e9thodes :\u00a0<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li><strong>Les m\u00e9thodes physiques. <\/strong>Cependant, elles ne permettent pas d\u2019\u00e9liminer les agents pathog\u00e8nes pr\u00e9sents dans les tissus internes de la graine.\u00a0\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>thermoth\u00e9rapie (eau, air, vapeur), <\/li>\n\n\n\n<li>rayonnement infrarouge, <\/li>\n\n\n\n<li>UVC, <\/li>\n\n\n\n<li>pression osmotique, <\/li>\n\n\n\n<li>ultrasons, <\/li>\n\n\n\n<li>application de vide pouss\u00e9 (250 mbar)<\/li>\n\n\n\n<li>,brossage. <\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n\n\n\n<li><strong>Les m\u00e9thodes chimiques<\/strong>, application aux semences (ces techniques peuvent se r\u00e9v\u00e9ler co\u00fbteuses et ne sont actuellement que tr\u00e8s peu \u00e9tudi\u00e9es)\u00a0 :\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>de sulfate de cuivre, <\/li>\n\n\n\n<li>d\u2019acides (lactique, ac\u00e9tique), <\/li>\n\n\n\n<li>d\u2019alcool, <\/li>\n\n\n\n<li>d\u2019extraits organiques (poudre de lait, moutarde, extraits de plantes, huiles essentielles). <\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n\n\n\n<li><strong>Les m\u00e9thodes biologiques.<\/strong> Il existe peu de formulations commercialis\u00e9es et les efficacit\u00e9s sont variables.\u00a0\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>biostimulation : bas\u00e9e sur la stimulation des microorganismes b\u00e9n\u00e9fiques dans les cultures.<\/li>\n\n\n\n<li>biocontr\u00f4le : utilisation de micro-organismes antagonistes en enrob\u00e9 ou en application aux semences. <\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Afin de d\u00e9velopper plus largement la derni\u00e8re cat\u00e9gorie, <strong>il reste n\u00e9cessaire de mieux comprendre le microbiote des semences<\/strong>. Notamment les processus \u00e9cologiques et mol\u00e9culaires impliqu\u00e9s dans son assemblage et dans sa transmission \u00e0 et par la graine.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Impact du microbiote sur la sant\u00e9 des plantes et les semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Les plantes ont d\u00e9velopp\u00e9 des <strong>cascades de r\u00e9seaux mol\u00e9culaires permettant d\u2019activer une r\u00e9ponse au stress et de r\u00e9tablir leur hom\u00e9ostasie, de se prot\u00e9ger et de r\u00e9parer les dommages cellulaires provoqu\u00e9s par ces diff\u00e9rents stress<\/strong>. Elles peuvent aussi se reposer sur les communaut\u00e9s de micro-organismes qui lui sont associ\u00e9es pour surmonter ces stress et augmenter leur fitness.\u00a0Une <strong>large diversit\u00e9 de micro-organismes<\/strong> (arch\u00e9es, bact\u00e9ries, champignons, oomyc\u00e8tes, protistes et n\u00e9matodes) est associ\u00e9e aux diff\u00e9rents organes de la plante. <strong>Les variations d\u2019abondance voire de pr\u00e9valence sont en partie expliqu\u00e9es par :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>la <strong>dynamique spatio-temporelle du microbiote <\/strong>au sein de son h\u00f4te\u00a0;<\/li>\n\n\n\n<li>l\u2019<strong>esp\u00e8ce v\u00e9g\u00e9tale \u00e9tudi\u00e9e<\/strong>.\u00a0<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Des changements de composition et de structure taxonomique du microbiote ont notamment \u00e9t\u00e9 corr\u00e9l\u00e9s \u00e0 un certain nombre de modifications ph\u00e9notypiques de l\u2019h\u00f4te. Au niveau de la graine, des modifications de la structure du microbiote s&rsquo;expliquent par des diff\u00e9rences de cin\u00e9tique de germination voire de taux de germination. <strong>En effet, certaines bact\u00e9ries associ\u00e9es aux graines peuvent r\u00e9primer la germination des plantes notamment par la production d&rsquo;oxyviniglycines ou bien encore diminuer la dormance des graines par la production de cytokinines<\/strong>. Le microbiote des graines peut \u00e9galement avoir un impact direct sur le ph\u00e9notype de la plantule. Par exemple, il peut am\u00e9liorer les capacit\u00e9s d\u2019assimilation des nutriments par la plante. Par ailleurs, <strong>la pr\u00e9sence de certains micro-organismes au sein des graines peut \u00e9galement favoriser l\u2019\u00e9tablissement de micro-organismes b\u00e9n\u00e9fiques pour la croissance des plantes<\/strong>. Enfin, les micro-organismes associ\u00e9s aux graines peuvent aussi diminuer l\u2019impact de stress abiotiques.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\"><strong>Facteurs influen\u00e7ant le microbiote des plantes et des semences<\/strong><\/h2>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify has-ast-global-color-5-color has-luminous-vivid-orange-background-color has-text-color has-background has-link-color wp-elements-09a0a6e082371c76dbeb7c8941cc2f12\">Piloter la composition du microbiote des plantes pour am\u00e9liorer la croissance et la sant\u00e9 de l\u2019h\u00f4te n\u00e9cessite une meilleure connaissance des sources d\u2019inoculum de ce microbiote ainsi que des processus \u00e9cologiques impliqu\u00e9s dans l\u2019assemblage de ces communaut\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Sources d\u2019inoculum du microbiote des plantes et des semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>La majeure partie des micro-organismes est transmise de mani\u00e8re horizontale \u00e0 la plante<\/strong>, principalement par le sol. Il existe un gradient n\u00e9gatif de diversit\u00e9 en termes de micro-organismes d\u2019origine tellurique allant de la rhizosph\u00e8re aux organes reproducteurs de la plante. En ce qui concerne <strong>les parties a\u00e9riennes des plantes, celles-ci sont colonis\u00e9es par des micro-organismes issus de l\u2019air, de la pluie, des insectes, des poussi\u00e8res ou encore des couverts v\u00e9g\u00e9taux<\/strong>. Enfin, les taxons transmis par les graines sont aussi une source d\u2019inoculum pour la plantule et par cons\u00e9quent pour la future plante. Mais ils repr\u00e9sentent une faible proportion de l\u2019inoculum de la future plantule par rapport au sol.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image aligncenter size-full\"><img data-recalc-dims=\"1\" decoding=\"async\" width=\"535\" height=\"556\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2024\/04\/Sources-dinoculum-du-microbiote-des-plantes.png?resize=535%2C556&#038;ssl=1\" alt=\"\" class=\"wp-image-3525\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2024\/04\/Sources-dinoculum-du-microbiote-des-plantes.png?w=535&amp;ssl=1 535w, https:\/\/i0.wp.com\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2024\/04\/Sources-dinoculum-du-microbiote-des-plantes.png?resize=289%2C300&amp;ssl=1 289w\" sizes=\"(max-width: 535px) 100vw, 535px\" \/><\/figure>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Processus impliqu\u00e9s dans l\u2019assemblage du microbiote des plantes et des semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><strong>Les processus sont de quatre ordres :\u00a0<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ol class=\"wp-block-list\">\n<li><strong>Dispersion. <\/strong>Elle se d\u00e9finit par les mouvements des micro-organismes dans l\u2019espace. Elle joue un r\u00f4le important dans l\u2019assemblage du microbiote des plantes, notamment lors des phases pr\u00e9coces de son d\u00e9veloppement.\u00a0<\/li>\n\n\n\n<li><strong>Diversification. <\/strong>C\u2019est un processus qui va g\u00e9n\u00e9rer de la diversit\u00e9 au sein des communaut\u00e9s mais qui reste difficile \u00e0 \u00e9tudier et \u00e0 dissocier de la dispersion.<\/li>\n\n\n\n<li><strong>D\u00e9rive \u00e9cologique.<\/strong>\u00a0 La diversification est un processus qui va g\u00e9n\u00e9rer de la diversit\u00e9 au sein des communaut\u00e9s. Ce processus est particuli\u00e8rement important dans les communaut\u00e9s compos\u00e9es de peu d\u2019esp\u00e8ces ayant une abondance relativement faible et un faible taux de s\u00e9lection.\u00a0<\/li>\n\n\n\n<li><strong>S\u00e9lection.<\/strong> Elle correspond aux changements dans la structure des communaut\u00e9s, caus\u00e9s par des diff\u00e9rences de fitness entre individus.<\/li>\n<\/ol>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">L\u2019environnement, qu\u2019il soit <strong>biotique ou abiotique<\/strong>, peut fortement i<strong>mpacter la structure des communaut\u00e9s microbiennes associ\u00e9es aux plantes.<\/strong> Le sol seul n\u2019est pas le seul facteur influen\u00e7ant la structure taxonomique du microbiote des plantes. Les saisons, la temp\u00e9rature, les radiations UV, la lumi\u00e8re ou encore la disponibilit\u00e9 en eau jouent \u00e9galement un r\u00f4le. Enfin, <strong>les pratiques agricoles ou la pr\u00e9sence d\u2019organismes macroscopiques comme les insectes pollinisateurs ou les insectes herbivores vont moduler la composition des communaut\u00e9s associ\u00e9es aux plantes<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Impact des interactions entre les micro-organismes sur le microbiote des plantes et des semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>Les micro-organismes interagissent constamment entre eux<\/strong> dans un continuum allant du mutualisme au parasitisme. <strong>La principale interaction reste la comp\u00e9tition et ce \u00e0 deux niveaux :\u00a0<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li><strong>Comp\u00e9tition par interf\u00e9rence. <\/strong>Cette comp\u00e9tition est m\u00e9di\u00e9e par la production par des micro-organismes de compos\u00e9s qui vont inhiber la croissance d\u2019autres micro-organismes. Cela peut se faire par contact ou par s\u00e9cr\u00e9tion dans le milieu.\u00a0<\/li>\n\n\n\n<li><strong>Comp\u00e9tition pour les ressources.<\/strong> Cela consiste \u00e0 exploiter les ressources de mani\u00e8re plus efficace que son comp\u00e9titeur. Pour cela, les bact\u00e9ries vont d\u00e9velopper des strat\u00e9gies par\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>une meilleure m\u00e9tabolisation des ressources <\/li>\n\n\n\n<li>et\/ou par la s\u00e9cr\u00e9tion de m\u00e9tabolites permettant de d\u00e9grader ou de capturer les nutriments dans le milieu.<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>S\u00e9lection par l\u2019h\u00f4te des micro-organismes pr\u00e9sents dans le microbiote des plantes et des semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>La plante va en partie s\u00e9lectionner son microbiote.<\/strong> Ainsi, le g\u00e9notype de l\u2019h\u00f4te est responsable de 1 \u00e0 10\u00a0% de la variation de la composition des communaut\u00e9s microbiennes de la plante. <strong>Outre le g\u00e9notype, le compartiment de la plante , la s\u00e9cr\u00e9tion de m\u00e9tabolites, l\u2019\u00e2ge, les exsudats excr\u00e9t\u00e9s ou encore l\u2019immunit\u00e9 de la plante peuvent tous \u00eatre des facteurs influen\u00e7ant la structure du microbiote de la plante.<\/strong> Ainsi, la plante peut r\u00e9guler son microbiote par son syst\u00e8me immunitaire, mais r\u00e9ciproquement, <strong>le microbiote joue un r\u00f4le dans l\u2019\u00e9tablissement et la maturation du syst\u00e8me immunitaire de la plante<\/strong>.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\"><strong>Pilotage du microbiote des semences<\/strong> en vue de mieux prot\u00e9ger la plante<\/h2>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Transmission verticale du microbiote \u00e0 et par la semence<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>La transmission par la voie verticale, implique la transmission d\u2019un micro-organisme ou d\u2019une communaut\u00e9 microbienne sur plusieurs g\u00e9n\u00e9rations.<\/strong> Cette h\u00e9ritabilit\u00e9 du microbiote a son importance en agronomie car elle va permettre de moduler le microbiote de la plante entre les g\u00e9n\u00e9rations de plantes. <strong>La transmission des membres du microbiote par les graines a \u00e9t\u00e9 explor\u00e9e chez un grand nombre de plantes d\u2019int\u00e9r\u00eat agronomique<\/strong>. <em>Par exemple, chez le ma\u00efs, les semences d&rsquo;hybrides de ma\u00efs g\u00e9n\u00e9tiquement apparent\u00e9es poss\u00e8dent des taxons bact\u00e9riens similaires. Chez le riz, environ 45\u00a0% des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes associ\u00e9es aux graines sont retrouv\u00e9es sur deux g\u00e9n\u00e9rations successives.<\/em><\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\"><strong><em>Transmission \u00e0 la semence<\/em><\/strong><\/h4>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>Trois voies principales r\u00e9gissent la transmission de micro-organismes \u00e0 et par la graine<\/strong> : <\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li><strong>interne, <\/strong><\/li>\n\n\n\n<li><strong>florale,<\/strong><\/li>\n\n\n\n<li><strong>externe. <\/strong><\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Globalement, la colonisation pr\u00e9coce des graines en d\u00e9veloppement se fait par la voie interne via le xyl\u00e8me ou les tissus non vasculaires de la plante m\u00e8re. Puis, les graines en d\u00e9veloppement peuvent \u00eatre colonis\u00e9es par la voie florale via le stigmate de la plante m\u00e8re. Enfin, la voie externe influencera plus la colonisation tardive des graines matures. C\u2019est <strong>le contact de la graine avec les micro-organismes pr\u00e9sents sur les fruits ou les r\u00e9sidus de culture qui va permettre cette colonisation externe<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\"><strong><em>Transmission par la semence<\/em><\/strong><\/h4>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>La graine est colonis\u00e9e par un ensemble de micro-organismes.<\/strong> Mais leur pr\u00e9sence ne garantit pas leur transmission \u00e0 future plantule. La germination d\u00e9bute par une phase d\u2019imbibition des tissus de la graine et se termine lors de la sortie de la radicule . Pendant cette phase, de nombreux compos\u00e9s vont \u00eatre relargu\u00e9s au voisinage de la graine, cr\u00e9ant une zone d\u2019intense comp\u00e9tition microbienne, la spermosph\u00e8re. <strong>La plantule va ensuite se d\u00e9velopper jusqu\u2019\u00e0 percer le sol et atteindre l\u2019atmosph\u00e8re<\/strong>, c\u2019est ce qu\u2019on appelle l\u2019\u00e9mergence. Cette \u00e9tape \u00e9tablit le d\u00e9but de l\u2019autotrophie de la plante. C\u2019est \u00e0 partir de cette \u00e9tape que va majoritairement se diff\u00e9rencier le microbiote des parties a\u00e9riennes et racinaires de la plante.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\">Pendant la germination et l\u2019\u00e9mergence, va se d\u00e9rouler <strong>la coalescence des communaut\u00e9s de micro-organismes associ\u00e9s aux graines et au sol.<\/strong> Elle correspond \u00e0 la rencontre et au m\u00e9lange entre deux ou plusieurs communaut\u00e9s. Elle est majoritairement asym\u00e9trique. <strong>En effet, des travaux ont montr\u00e9 que seulement 0,3\u00a0% \u00e0 15,0\u00a0% de la diversit\u00e9 en micro-organismes retrouv\u00e9s sur la plantule de colza provient de la graine contre 35 \u00e0 72\u00a0% du sol<\/strong>.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\"><strong>Deux approches de pilotage du microbiote des semences<\/strong><\/h3>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify has-ast-global-color-5-color has-luminous-vivid-orange-background-color has-text-color has-background has-link-color wp-elements-e54395a16883a59a573a61fd60188ffd\">On peut utiliser <strong>deux approches pour piloter efficacement le microbiote des plantes<\/strong>. <strong>La premi\u00e8re est la biostimulation.<\/strong> On module le microbiote de la plante en prenant en compte le lieu de production, les itin\u00e9raires techniques mais \u00e9galement le g\u00e9notype de la plante. Cependant, dans un agrosyst\u00e8me perturb\u00e9, <strong>on peut \u00e9galement mettre en place, le biocontr\u00f4le.<\/strong> Elle consiste \u00e0 l\u2019introduction de micro-organismes ou de consortia microbiens sur les plantes. Et ce afin de r\u00e9tablir efficacement la diversit\u00e9 microbienne et am\u00e9liorer la sant\u00e9 et\/ou la croissance des plantes.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\"><strong><em>Biostimulation du microbiote des semences<\/em><\/strong><\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Le lieu de production ou encore les itin\u00e9raires techniques sont des facteurs qui vont fortement influencer le microbiote des plantes.<\/strong> Par exemple, l\u2019apport en fertilisants et pesticides, le labour, les propri\u00e9t\u00e9s du sol, de l\u2019air ou encore de l\u2019eau d\u2019irrigation vont moduler les communaut\u00e9s microbiennes associ\u00e9es \u00e0 l\u2019environnement et aux plantes.<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>Le g\u00e9notype de la plante influence \u00e9galement la composition du microbiote<\/strong>. Il doit donc \u00eatre pris en compte dans des objectifs de biostimulation. Utiliser la s\u00e9lection vari\u00e9tale pour moduler le microbiote des plantes serait ainsi possible. Et le microbiote offre une nouvelle source g\u00e9n\u00e9tique h\u00e9ritable pour la s\u00e9lection vari\u00e9tale et par cons\u00e9quent, la s\u00e9lection de son microbiote. On pourrait ainsi <strong>s\u00e9lectionner des plantes excr\u00e9tant des exsudats de graines sp\u00e9cifiques<\/strong>, ou encore <strong>des plantes ayant des fleurs avec des caract\u00e9ristiques morphologiques particuli\u00e8res<\/strong> afin de s\u00e9lectionner les microorganismes qui y sont associ\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\"><strong><em>Biocontr\u00f4le du microbiote des semences<\/em><\/strong><\/h4>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>Le biocontr\u00f4le par l\u2019inoculation de taxons microbiens sur les plantes vise \u00e0 moduler le microbiote des plantes<\/strong>. L\u2019une des approches prometteuses est de cibler directement l\u2019incorporation de micro-organismes dans les graines. En effet, les micro-organismes sont peu nombreux dans les graines. Il serait ainsi plus facile d\u2019y int\u00e9grer un inoculum microbien, en comparaison \u00e0 une plante mature qui poss\u00e8de un microbiote pr\u00e9existant qu\u2019il faudrait d\u2019abord supprimer pour que l\u2019inoculum puisse s\u2019installer.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-align-justify\"><strong>Le premier levier pour l\u2019\u00e9tablissement des inoculants est la pression de propagule. <\/strong>Il s&rsquo;agit d&rsquo;optimiser \u00e0 la fois la dose et la fr\u00e9quence d\u2019application des inoculants pour optimiser leur installation dans la graine. <strong>Le second levier face au filtre environnemental consiste \u00e0 s\u00e9lectionner des taxons qui sont adapt\u00e9s \u00e0 l\u2019habitat dans lequel on veut les inoculer<\/strong>. Dans le cas de la graine, il faut, notamment, des taxons capables de r\u00e9sister aux stress osmotiques.\u00a0Enfin, dans un troisi\u00e8me temps, il est n\u00e9cessaire que les taxons inocul\u00e9s puissent r\u00e9sister aux stress biotiques et ne pas \u00eatre inhib\u00e9s par des taxons indig\u00e8nes pr\u00e9sentant des traits de comp\u00e9tition.\u00a0<\/p>\n\n\n\n<p><\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-medium-font-size\">D&rsquo;autres publications sur la notion de microbiote sont disponibles dans notre rubrique <a href=\"https:\/\/normandiemaine.cerfrance.fr\/arad2\/category\/agroecologie\/\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Agro\u00e9cologie<\/a>. <\/p>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading has-small-font-size\">Source<\/h2>\n\n\n\n<p class=\"has-small-font-size\"><em>Guillaume Chesneau. <a href=\"https:\/\/theses.hal.science\/tel-03678713\">D\u00e9cryptage des processus d\u2019assemblage du microbiote des graines dans le but de limiter la transmission d\u2019agents pathog\u00e8nes. Microbiologie et Parasitologie<\/a>. Universit\u00e9 d\u2019Angers, 2021. Fran\u00e7ais. ffNNT : 2021ANGE0047ff. fftel-03678713f <\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Le microbiote des semences : un enjeu de protection agro\u00e9cologique 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